Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu sinh ngày 3 tháng 10 (âm lịch) năm Sùng Đức thứ 6 (1641), xuất thân từ dòng họ nổi tiếng Bát Nhĩ Tề Cát Đặc thị, hay còn được phiên thành Bát Nhĩ Tế Cẩm thị (博尔济锦氏). Gia tộc của bà là bộ tộc Khoa Nhĩ Thấm của Mông Cổ, một bộ tộc nổi tiếng vào thời điểm ấy. Dòng họ này là một dòng dõi hoàng tộc, vua chúa của người Mông Cổ[2]. Theo vai vế gia tộc thì nhà của bà thuộc cánh tả Trát Tát Khắc của Khoa Nhĩ Thấm, tức thuộc về hệ thống Mông Cổ Minh kỳ thời nhà Thanh[3].

Tằng tổ phụ của Hoàng hậu là Trung Thân vương Trại Tang (寨桑), vị Bối lặc của bộ tộc Khoa Nhĩ Thấm. Trại Tang có nhiều người con với vợ cả, là Trác Lễ Khác Đồ Thân vương Ngô Khắc Thiện (吴克善), Cố Sơn Bối tử Sát Hãn (察罕), Đạt Nhĩ Hán Ba Đồ Lỗ Thân vương Mãn Châu Tập Lễ (滿珠習禮), Mẫn Huệ Cung Hòa Nguyên phi và Hiếu Trang Hoàng thái hậu. Vị Bối tử Sát Hãn, em trai Ngô Khắc Thiện, anh trai của Mãn Châu Tập Lễ, Mẫn Huệ Cung Hòa Nguyên phi và Hiếu Trang Thái hậu, chính là tổ phụ của bà.

Thân phụ của Hoàng hậu là Xước Nhĩ Tế (綽爾濟), con trai của Sát Hãn, được phong tước vị vị [Trấn Quốc công; 鎮國公] của Khoa Nhĩ Thẩm bộ, về sau khi Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu trở thành Thái hậu mà ông cũng được gia tặng lên làm Bối lặc. Thân mẫu của bà là Ái Tân Giác La thị, con gái của Nhiêu Dư Mẫn Quận vương A Ba Thái - con trai thứ 7 của Thanh Thái Tổ Nỗ Nhĩ Cáp Xích. Theo vai vế gia tộc, Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu là cháu gọi Hiếu Trang Văn Hoàng hậu bằng bà cô; gọi Phế hậu Tĩnh phi bằng cô; gọi Thuận Trị Đế vừa bằng chú, vừa bằng dượng vì Thuận Trị Đế là đường đệ của cha, cũng là phu quân của cô bà.

Ngoài ra bà còn có người anh trai là Ngạc Tập Nhĩ (鄂緝爾), kế thừa tước vị Bối lặc; anh thứ Nạp Mục Tề (纳穆齐); anh ba là Nặc Mộc Đức Lực Cách Nhật Lỗ Tề Cách (诺木德力格日鲁齐格), anh thứ 4 là Ngạch Nhĩ Đức Ni (额尔德尼), tất cả đều là anh ruột cùng mẹ của bà. Ngoài ra, Xước Nhĩ Tế còn thêm con trai thứ 5 Tất Lực Căn Đạt Lai (必力根达来), con trai thứ 6 Mạc Nhật Căn Tất Lực Thổ Cách (莫日根必力吐格) cùng con trai thứ 7 Ngao Đặc Căn Đạt Lai (敖特根达来) đều là do Trắc Phúc tấn sinh ra. Trong gia đình, Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu là con gái thứ ba của Xước Nhĩ Tế, chị gái cả của bà trở thành Đích Phúc tấn cho Giản Thuần Thân vương Tế Độ, đường huynh của Thuận Trị Đế; chị thứ lấy cháu nội của A Ba Thái; em gái thứ 4 là Thục Huệ phi, một phi tần khác của Thuận Trị Đế. Ngoài ra bà còn một người em gái út, cũng lấy một cháu nội khác của A Ba Thái.

Như vậy có thể nhìn ra, một chi gia hệ của Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu không cao lắm trong hệ thống gia tộc Khoa Nhĩ Thấm, nhưng có liên quan chặt chẽ với hoàng thất Ái Tân Giác La, đây cũng là một trong những lý do quan trọng khiến bà được chọn làm Kế Hoàng hậu cho Thuận Trị Đế. Sau thời Thuận Trị, các Hoàng đế nhà Thanh không còn duy trì hôn nhân với tầng lớp Mông Cổ Minh kỳ bằng việc cưới con gái của họ làm vợ nữa. Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu cũng là Hoàng hậu cuối cùng của triều Thanh xuất thân từ Mông Cổ Minh kỳ.